Tahun 1997, berdasarkan
kebijakan yang dikeluarkan Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI, STM
NU 1 Paciran, SMEA NU 2 Paciran dan SUPM berganti nama menjadi SMK NU 1
Paciran, SMK NU 2 Paciran dan SMK Kelautan Sunan Drajat. Ketiga Sekolah
tersebut berjalan sangat baik dibawah naungan Yayasan Pondok Pesantren
Sunan Drajat.
Tahun 2008 muncul gagasan baru, SMK NU 1 Paciran,
SMK NU 2 Paciran dan SMK Kelutan Sunan Drajat diupayakan untuk
bergabung menjadi satu sekolah dengan alasan ketiga sekolah tersebut
berada dalam satu yayasan, maka dibentuklan Tim Merger untuk mengawal
penggabungan (merger) tiga sekolah menjadi satu sekolah yang dalam
kesepakatan selanjutnya Sekolah Baru hasil penggabungan tersebut diberi
nama SMK Sunan Drajat Lamongan. Hingga pada tahun 2011 sesuai dengan
Keputusan Kepala Dinas Pendidikan Kabupaten Lamongan Nomor:
420/4789/413.101/2011 keluar izin operasonal SMK Sunan Drajat Lamongan
dengan 14 Kompetensi Keahlian yaitu:
- Teknik Elektronika Industri
- Teknik Pemmesinan
- Teknik Kendaraan Ringan
- Teknik Sepeda Motor
- Teknik Komputer dan Jaringan
- Multimedia
- Animasi
- Teknik Kapal Penangkap Ikan
- Nautika Kapal Niaga
- Teknika Kapal Niaga
- Akuntansi
- Perbankan
- Busana Butik
- Rekayasa Perangkat Lunak